6月の給与明細を見たら、手取りが「2000円」減っていた! 理由は“ふるさと納税”が反映されていなかったから?「ワンストップ特例制度」を使ったのになぜ? 取り戻す方法はないのか解説

配信日: 2025.06.20

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6月の給与明細を見たら、手取りが「2000円」減っていた! 理由は“ふるさと納税”が反映されていなかったから?「ワンストップ特例制度」を使ったのになぜ? 取り戻す方法はないのか解説
今年の6月の給与明細を見たら、いつもより住民税が高く、手取りが減っていた……そんな違和感を覚えた人は、ふるさと納税の控除がきちんと反映されているか確かめましょう。
 
ふるさと納税には「ワンストップ特例」という制度があります。これは、会社員などの給与所得者が寄附先を年間5自治体以内に抑えた上で特例の申請をすると、確定申告をしなくても控除が受けられる制度です。
 
普段はこの制度でふるさと納税の控除を受けていても、手続きの誤りなどによって、控除が住民税に反映されず、結果的に手取りが減ってしまうこともあります。
 
本記事では、ワンストップ特例制度を使ったはずなのに、ふるさと納税の控除が住民税に反映されない原因とその対処法を解説します。
富澤佳代子

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ふるさと納税の控除がされているか確かめる方法

ふるさと納税の控除がきちんと適用されているかは、会社から配られる「住民税決定通知書」を使って確かめましょう。この通知書は、6月から来年5月までの住民税額とその根拠を示すものであり、多くの場合5月か6月に勤務先に届き、従業員に配布されます。
 
ふるさと納税が適用されているか確かめたい場合は、記載されている「摘要」欄に注目します。ワンストップ特例制度で正しく処理されていれば、「寄附金税額控除額」(表記は自治体によって異なる)などの文言とともに金額が記載されているはずです。
 
例えば、昨年の1年間で2万6000円をふるさと納税として寄附していた場合、自己負担額の2000円を差し引いた2万4000円が控除されていれば反映されていると判断できます。ただし、所得によって控除額には限度があり、必ずしも控除額が「寄附金額から2000円を引いた金額」になっているわけではありません。
 
控除の記載がない場合は、申請に誤りや漏れがあった可能性が考えられるため、適切な対処が必要です。
 

ふるさと納税の控除が適用されていない理由と対処法

ふるさと納税の控除が適用されていない場合は、寄附先の数と確定申告の有無を確認しましょう。
 
ワンストップ特例制度は、寄附先が年間5自治体以内であることが条件となっています。6自治体以上に寄附した場合、ふるさと納税の控除を受けるためには確定申告が必要だったのです。
 
寄附先が5自治体以内で、ワンストップ特例制度の条件を満たしていても、医療費控除や住宅ローン減税適用のために確定申告を行った場合は、ワンストップ特例が自動的に無効になります。特に「去年は確定申告していないけど、今年は確定申告をした」という人はこのケースに該当しやすいので注意しましょう。
 
また、ワンストップ特例の申請書を提出したつもりでも、記載内容の不備や期限後の到着などにより、自治体側で無効と判断されてしまうこともあります。念のため寄附先の自治体に確認してみましょう。
 
こうした理由により控除が適用されていなかった場合でも、確定申告をすることで払い過ぎた住民税を取り返せます(還付申告)。還付申告は過去5年分までさかのぼって申告可能です。
 
控除が反映されていないことに気づいたら、できるだけ早く手続きを進めましょう。
 

控除漏れに気づいたら、早めの確認と申告を

ふるさと納税の控除は、申請に不備があったり、ワンストップ特例が無効化されていたりすると、住民税に反映されないことがあります。毎年ふるさと納税をしている人ほど、気づきにくい控除漏れに注意が必要です。
 
控除が適用されているかは、5~6月に配布される「住民税決定通知書」で確認できます。摘要欄に寄附金税額控除の記載があるかを確認し、明らかに控除が漏れている場合は、原因を整理し、確定申告で対応しましょう。
 
控除漏れに気づいた段階で確定申告を行えば、所得税の還付や住民税の還付・調整によって、払い過ぎた税金を取り戻すことが可能です。5年までさかのぼって申告できるため、あきらめずに手続きを進めましょう。
 

出典

中央区ホームページ ふるさと納税の税額控除が適用されていないとき
総務省 ふるさと納税のしくみ
 
執筆者 : 浜崎遥翔
2級ファイナンシャル・プランニング技能士

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